唯國家課題馬首是瞻的考評標準，不夠透明的評審制度，難以有效監督的漏洞，注定留下巨大的尋租空間以及眾人質疑的理由。
一家不足十人的機構，每年掌控著400多個國家級、部級教育課題，課題經費總額超2000萬。但若不是業內人士，很難叫出這個機構的全名：全國教育科學規劃領導小組辦公室(以下簡稱全規辦)。
但是，知情人士向記者透露，這個機構正在漸漸將課題申報、鑒定及其所涉及的科研經費，納入只有自己能夠控制的暗箱操作。
全規辦成立于1983年，是教育部全國教育科學規劃領導小組的常設辦事機構，設在中國教育科學研究院(以下簡稱中國教科院)，由中國教科院院長兼任規劃辦公室主任。據其官網介紹，該辦公室的主要職能是負責組織制定全國教育科學規劃和實施，組織課題評審立項、負責課題日常管理、鑒定和成果推廣。
在中國教育體制中，國家級課題是晉升、職稱評定、學術成果的重要衡量標準，有些大學甚至直接規定：沒有國家級課題無法晉升為教授。因此有評論說，獲得國家級課題可以改變一個學者的一生。
但當一年400多個國家級、部級教育課題的申報和申批權力，集中在一個小小全規辦手中時，其實施景象正在漸漸變得模糊。
被質疑的游戲規則
在改變游戲規則之前，整個評審流程并未引來太大的非議。
全國教育科學規劃共有15個學科組，涉及教育的方方面面，課題分為國家級重點、國家級一般、國家級青年基金、教育部重點、教育部青年專項等。按照級別，課題經費從25萬到2萬不等。申報成功者，要在1至3年內完成，最長不超過5年。而國家重大委托課題由全規辦負責委托單位和個人開展研究，不接受申請。
申報課題的評審環節也很嚴格。2008年前，每個學科組的10名專家，大致分成3個小組，用兩天左右時間審閱申報材料，在小組中投票后，排名靠前的選題獲得在全體專家會議上匯報的資格，由專家們集體討論后再投票。只有得到三分之二以上的投票，才能最終通過，現場唱票并宣布結果。為防止漏過優秀課題，還設置了專家附議。
某學科組前組長張君曾多年從事評審工作，他說，以往每年到后期來“打招呼”很多，有的發短信，有的打電話，還有的登門拜訪，不過因為涉及到后面的專家組討論和現場投票環節，“打招呼”的作用通常也不大。
2008年后，申報評審辦法做了修改，討論環節取消，改為專家獨立打分后投票，投票結果并不當場宣布，專家也不知道評審結果。一位曾參加評審的專家告訴《中國新聞周刊》，他打分很高的課題，最終沒有獲得通過。“改規則之后，全規辦的操作空間變大了。”他質疑道。
一位申報人向記者透露，他于2008年申報了一個課題，未能通過，2010年再次申報時，他通過特殊渠道得知自己的得分排名靠前，但最終通過申報的名單仍然沒有他的名字；更蹊蹺的是，這個課題后來由另一個申報者成功申請。
但中國教科院院長、全規辦主任袁振國接受采訪時說，之所以會取消討論環節，是考慮到這個過程中的人情因素很難控制。他否認專家對于投票結果不知情，“每組都有統計員，打分結果出來后會宣布。”
規則修改的內容，還包括結題鑒定費用的分配。原來每個課題需由課題人交3000元鑒定費，5名專家為一組，鑒定1個課題，每位評委的鑒定費是 600元。修改后的規則是，5名專家共同鑒定5個課題，每位評委的鑒定費為1000至2000元。也就是說，一組5個課題共有15000元鑒定費，但僅支出5000-10000元專家評審費。“一年有400多個課題，剩下的錢去哪里了，沒有人公開過”。知情人說。
袁振國表示，對此并不知情。
更讓課題申請人感到蹊蹺的是，按規定，成果鑒定所需經費從課題研究經費中支出，但課題負責人要在報送鑒定材料時先行墊付，墊付的方式只有一種：郵政匯款，收款人為全規辦一名主管。多位申報人以及中國教科院員工均質疑，這是一種脫離財務監管的收款方式。
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