三欠基礎和能人
國產科研儀器研發根基尚淺，基礎薄弱。
這一方面源于我國在基礎材料和加工技術方面比較落后，這種落后影響到了包括儀器儀表行業在內的整個工業技術領域。主要表現在常用的基礎材料和器件的質量不夠好，雖然可湊合著用在普通的民用技術中，但用于高端的研究型儀器，則很難保證其技術指標能夠達到科學研究的要求;有時雖可以通過“優中選優”選出最合適的材料和器件，但成本太高很難被產業化大量生產和使用。
另一方面的基礎薄弱，是指理論基礎。目前做儀器研發的人主要是工程技術人員，他們在理論水平方面通常低于那些需要使用儀器做研究的科學家，對一些與儀器研發相關的重要的科學原理沒有吃透或掌握不全面，難以對儀器的相關原理真正做到融會貫通，因而難以迅速形成新的設計。此外，由于大學的分科教育體制，很多研究和技術開發人員的知識面不夠寬，也影響了他們對儀器的研發能力的提升。
而做儀器研發，有些能人是必不可少的。首先要有基礎扎實、立足于科學前沿、對所涉足領域的科學問題非常清楚的一批高素質、有實踐經驗的人作為設計師，他們要知道目前急需的研究手段和實驗技術，能提出原創性的解決方案，并善于整合資源實現設計。隨后，還要有能工巧匠做出好用的、具有自主知識產權的原創國產科研儀器。當然，這些能人都不是天生的，需要長時間的儀器研發工作去培養和鍛煉，研發團隊也需要不斷的磨合。
四欠核心和深度
我國對科研儀器研發的介入深度不夠，經常是淺嘗輒止。由于全新原理的原創科研儀器的價值通常不容易迅速被人所認識，因此靠新儀器打開市場賺錢較難。從事儀器研發和生產的單位更習慣于生產、改進和銷售那些在市場上受歡迎的儀器，包括以往市場份額大、口碑好的老型號儀器和對這些老型號儀器做小的改進，通過提高數字化和自動化程度、增加部分功能、改進外觀設計等方式來獲得用戶青睞。這種小修小改的“研發”遠遠無法達到原創的級別，只是這樣做便于賺錢，所以不少科研儀器的研發生產單位樂此不疲。
目前我國很多儀器的核心部件實際是進口國外產品。這種利用產自不同國家的零部件進行組裝生產儀器的狀況在全球化時代雖屬正常現象，但其中有一些根本沒有掌握核心技術，卻仍自我標榜為“具有自主知識產權”的國貨精品，則完全是掩耳盜鈴、自欺欺人。
實際上，科研儀器如果沒有真正屬于自己的核心技術，是難以占有穩定的市場份額的，更無法在科學界獲得良好的口碑。
五欠信心和人氣
正是由于前面提及的一系列原因，國產儀器的生產者、銷售者和使用者往往都缺少足夠信心。
生產者對原材料和器件沒信心，對自己的產品也沒信心。銷售者在向用戶推銷時更喜歡炫耀他所賣的儀器里面有哪些部件完全是進口的，仿佛進口的“標簽”就是高質量高性能的保證書一樣，卻對自己的技術和產品沒有足夠的信心。
許多使用者也對國產儀器缺乏信心。真正理解原創性的國產科研儀器研發工作的意義，并能夠自覺支持和投入這方面工作的人還不多。目前不僅主管領導對儀器研發重視不夠，有時甚至在科研隊伍中也有很多人不贊同做自主研發，或者即使不反對，也不會積極協助做儀器研發的人。沒有一定的人氣，這種科研儀器的研發可能會變成一個“費力不討好”的苦差事，從而影響研發積極性。
此外，一件復雜的研究型儀器的研制涉及很多學科的知識，通常需要一定規模的團隊(甚至是跨單位、跨行業的組合)的合作。這個研發團隊應該建立行之有效的團隊合作制度，其成員應該具有高度的團隊合作意識，在合作中盡可能多地溝通交流，避免閉門造車，這樣才能把儀器的研發工作真正做好。目前，國內包括儀器研發在內的很多科研合作還需要加強。
總之，只有補上這些“欠賬”，才能指望未來有一些新型的國產原創性科研儀器被研發出來，而以新的實驗技術和研究手段為基礎的原創性領先成果才有可能被做出來。