| 簡介： |
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DNA雜交機理是生物學領域一個廣受關注的基礎性問題，其成核細節尚不為人所知。Ouldridge等最近開發了一個新的粗粒化DNA模型—oxDNA，合理的擬合了DNA的氫鍵相互作用和堆疊相互作用，能夠同時表現DNA單鏈的柔性和雙鏈的剛性。到目前為止，該模型已經成功的應用于一系列的DNA結構以及DNA納米器件的模擬，如DNA鑷子和DNA行走機器人。我們以該模型為基礎，通過引入贗動力學（metadynamics）和過渡路徑采樣（transitionpathsampling）方法，研究了短鏈DNA的雜交機理和成核機理。研究結果表明，只有單一重復序列才采用“滑行式（slithering）”的雜交方式，不遵循特定的路徑；而對于一般隨機序列，其采用“拉鏈式（zippering）”的雜交方式，有較為嚴格的形成路徑。 |
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