近年來，福建省從更高的起點加強原始創新、集成創新和引進消化吸收再創新，并通過自主創新能力的提升，推進產業結構優化升級，加快形成以高新技術產業為先導、先進制造業為支撐的產業鏈，為加速海峽西岸經濟區建設增添了新引擎、新動力。
構筑海西高新產業基地
為推動自主創新，福建省從電子信息、先進制造、生物醫藥、集成電路、光電子、新材料、新能源等方面入手，強化高新技術產業發展研究，推進高新技術產業重大技術突破。同時，培育一批科技型企業梯隊，組織實施一批高新技術重大專項，努力構筑具有海峽西岸高新技術特色的產業基地。
作為福建三大主導產業的電子信息、裝備制造和石油化工，依托體系創新，調整發展方向，為海西發展注入活力。電子信息產業發展方向是移動通信和網絡產品、數字視聽產品、數字多功能電話機開發制造、新型電子元器件、軟件開發生產及CAD、CAM、CAE系統開發生產等；裝備制造業重點發展交通運輸設備制造業、工程機械與港口機械等專用設備制造業、通用機械制造業、電子機械及器材制造業；石油化工產業關鍵是加快與石化龍頭企業配套的中下游項目建設，延伸石化產業鏈，以及化學工業、新型環保涂料、林產化工、醫藥中間體等精細化工產品。
企業是自主創新的主體，在產品開發研投、技術創新活動、創新成果應用等方面發揮重要作用。2009年，東南造船廠以定位科學的產品和自主創新，成為海西制造業的一個亮點。在開發中，該廠根據實際情況，安排1.3億元三期技改資金，擴建新船臺、購進新設備，提升整體造船能力，并在對國外新技術改進、消化、吸收的基礎上進行了大量的改進、優化和創新，開發出為海洋鉆井平臺提供服務的高附加值59-75M大馬力拖船。如今，東南造船廠每年在科研經費上投入1000多萬元，正在建造的24-48M“金槍”漁船，具有完全的自主知識產權，已出口22艘，受到國內外用戶的好評。
在加快發展高新技術的同時，福建注重以高新技術和先進適用技術改造提升傳統產業，促進傳統產業集聚能力的增強。2009年，全省工業增加值4918億元，增長12.1%。福建煉化一體化等一批項目建成投產，光電等一批新興產業基地加快形成，同時，制定實施14個重點產業調整振興方案，深入推進工業內涵深化技改提升工程，完成工業改擴建投資936億元，增長49.7%。另外，實施幫扶措施，支持企業擴大融資，拓展營銷，增強自主創新能力。
拓展深化閩臺產業合作
近幾年，福建省主動承接臺灣高新技術產業的技術轉移，實現技術創新與產業的對接。如鼓勵、支持臺商投資高新技術園區，吸引臺灣科研機構和科技人員共同創建創新平臺，建立長期穩定的閩臺科技交流合作渠道，在資源環境、地質地震、氣象、海洋等領域加強聯合攻關。
福建省在電子信息、裝備制造、石油化工、現代農業等領域主動承接臺灣科技產業的轉移，支持海峽兩岸合作創辦集成電路設計、光電、軟件、裝備制造等閩臺科技園區，推動兩地高科技產業協同發展，努力使福建成為承接臺灣高新技術產業與技術轉移的載體。
福建省在微生物藥物研究、開發和產業化方面特色明顯，而臺灣在西藥制劑、醫療機械和傳統中藥制劑等領域占有優勢。現階段，福建積極構建對臺醫藥科技交流合作渠道，互派代表團尋找合作課題，制定更優惠的政策，引導臺資投入醫藥科研和產業化事業，培育海峽西岸特色鮮明的高新技術醫藥產業集群。
隨著海西建設的持續推進，福建在兩岸農業科技交流中的優勢和特色日益凸顯。多年來，福州大學催化劑國家中心積極開展汽車排放凈化器研制，其產品已實現產業化。目前，科研人員正在研制高揮發性有機廢氣的治理，這些項目在臺灣具有廣闊的發展前景。福建農林大學校長鄭金貴表示，將盡快收集祖國大陸農業科技成果，先在福建試種研究，再篩選出適宜成果到臺灣示范栽培，促進兩岸科技深度合作。