2009年國家自然科學基金項目申請數量持續增長，截止到9月1日，共收到各類申請100778項。其中在3月1日-20日申請集中接收期間，共接收申請97755項。與2008年同期相比，項目申請數量增加了17896項，增長22.41%，增長幅度超過了2007年的11.12%和2008年的13.48%。
在集中接收的各類項目申請中，青年科學基金申請量繼續保持迅猛增長態勢，近年來增長率始終超過25%，2009年更達到34.98%。面上項目申請增量較大，增加了8217項，增長16.67%;地區科學基金申請量比2008年大幅度增加，增加了1486項，增長44.46%。
根據項目申請量特別是青年科學基金和地區科學基金項目大幅度增加的現狀，為在資助工作中突出“更加側重基礎、側重人才”的戰略導向，國家自然科學基金委員會及時調整了資助計劃，青年科學基金和地區科學基金同比均增加了29%。面上項目、青年科學基金和地區科學基金三類項目經費合計占自然科學基金總經費比例達66.8%，同比提高了約4.3個百分點，為科學技術人員在廣泛學科領域自由探索提供了有力支持。
經過同行專家通訊評審和會議評審，根據《國家自然科學基金條例》、國家自然科學基金相關管理辦法和專家評審結果，2009年9月1日，國家自然科學基金委員會委務會議批準資助了如下類型項目：
1.面上項目10061項，資助經費330516萬元，資助率17.49%，平均資助強度32.85萬元/項。
2.青年科學基金項目6079項，資助經費120304萬元，資助率21.31%，平均資助強度19.79萬元/項。
3.地區科學基金項目922項，資助經費22180萬元，資助率19.09%，平均資助強度24.06萬元/項。
4.重點項目391項，資助經費72408萬元，平均資助強度185.19萬元。
5.重大項目11項，資助經費11000萬元，平均資助強度1000萬元/項。
6.創新研究群體28個，資助經費13700萬元。
7.海外與港澳學者合作研究基金項目77項，資助經費1540萬元。
8.科學儀器基礎研究項目35項，資助經費5000萬元。
9.科普項目10項，資助經費200萬元。
10.重大國際(地區)合作研究項目47項，資助經費5050萬元。
11.部分聯合資助基金項目109項，資助經費5460萬元。
其他類型項目，如國家杰出青年科學基金、重大研究計劃、國家基礎科學人才培養基金等正在審批過程中。